Eclipse 3.4.2で、サーバーアプリを内蔵？（同梱？）のApache Tomcatごと起動しようとしたところ、起動に時間がかかって45秒を越えたということでTimeoutのエラーが起きてしまいました。
何度か繰り返すと「たまたま早く起動した」時に動くこともあるのですが、面倒なので設定箇所を調べました。
「Servers」ビューでサーバーを選択すると「Overview」画面が表示されるので、その右側、折りたたまれた項目として「Timeouts」があります。そこを開くと「Start（in seconds）」という項目がありますから、そこにある秒数を変更すればOKです。私は65秒ほどにしました。
設定を変えても「Apply」的なボタンはありません。タブごと閉じたりサーバーを起動しようとすると「保存するか？」と聞いてきますので、そこで保存すれば問題ありません。
